La chiesa di San Giovanni Elemosinario è molto antica: fu infatti fondata prima del 1071, ma nulla rimane del primitivo edificio a causa del disastroso incendio che colpì tutta la zona di Rialto nel 1514. In seguito a questa terribile calamità, nella quale andarono distrutte numerose botteghe ed enormi quantità di mercanzie, la riedificazione della chiesa venne probabilmente affidata ad Antonio Abbondi detto lo Scarpagnino, che la portò a termine prima del 1531, mentre si occupava anche della ricostruzione di tutta la zona del mercato. L'edificio attuale risulta completamente inserito nella densa cortina edilizia, tanto da renderne difficile l'individuazione.
E' probabile che questa scelta si spieghi sia con una volontà di uniformità nella sistemazione della zona, sia con la necessità di mantenere degli spazi antistanti la chiesa che il clero affittava come botteghe ricavandone sostentamento. La chiesa, un bellissimo esempio di architettura rinascimentale, conserva due straordinarie testimonianze pittoriche di due grandi artisti del Cinquecento - Tiziano e Pordenone. La pala dell'altare maggiore, opera di Tiziano, con San Giovanni Elemosinario e quella di Pordenone per la cappella absidale destra, con i Santi Caterina, Rocco e Sebastiano furono, secondo il Vasari, frutto di una gara d'abilità: Pordenone sarebbe stato spinto da alcuni nobili veneziani suoi sostenitori a sfidare Tiziano che aveva da poco terminato la pala con il santo titolare della chiesa; Tiziano, ritornato a Venezia dopo un viaggio a Bologna, trovando Pordenone di gran moda in città e con un nuovo quadro come diretto concorrete di uno suo, si sarebbe molto seccato. La realtà non fu proprio questa, anzi molto probabilmente successe il contrario. E' lecito, infatti, collocare la pala di Pordenone intorno al 1530-35, in base a criteri stilistici, mentre quella di Tiziano daterebbe intorno al 1545-50.
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